Molekylærbiologisk undersøgelse - Patologi, PAT

 
1) Generelt om molekylærpatologiske analyser
2) BCR-ABL1
3) EGFR
4) HPV
5) KRAS/NRAS/BRAF
6) Kvantitativ BRAF
7) Malignt melanom
8) MLH1
9) MYD88
10) Prosigna PAM50
 

Tilbage til oversigt over Laboratorie Medicinsk Vejledning

 


 
1) Generelt om molekylærpatologiske analyser

 

Har man spørgsmål er man altid velkommen til at henvende sig til:

 

Patologiafdelingen, SUH, Afsnit Næstved, Ringstedgade 79A, 4700 Næstved.

Tlf. 56 51 42 23.

Åbningstider, afsnit Næstved: Mandag-fredag kl. 8:00-15:00.

 

For yderligere oplysninger se adresser, tlf. nr., åbningstid og henvendelse.


 
2) BCR-ABL1

 

Indikation

BCR-ABL1 fusionsgenet dannes ved en translokation t(9;22) imellem kromosom 9 og 22, også kaldet Philadelphia kromosomet.
Analysen er relevant ved mistanke om leukæmi, specielt CML, men ses også ved ALL og AML.

Analysen er ved første analysering kvalitativ og hvis prøven findes positiv laves kvantitativ analyse på samme materiale.

Det kvalitative svar angives som positiv eller negativ for BCR-ABL1, samt hvis positiv hvilken brudvariant(er) der er detekteret (f.eks. e13a2 (=b2a2), e14a2 (=b3a2), e19a2, e13a3, e14a2 etc).
Det kvantitative svar angives i %IS (procent international scale), der beregnes ud fra antal kopier af BCR-ABL1 og referencegener. Ved de næste monitoreringer laves kun kvantitativ analyse.

Materiale

2 stk. blodprøver taget i PAX gene® Blood RNA Tube. (BD varenummer 762165)

Ved blodprøvetagning må blodprøverne ikke tages som første glas efter indstik.

 

Ved rekvirering indenfor REGSJ mærkes blodprøverne med CPR-nr. og stregkodeetiket fra PTB.

 

Ved rekvirering uden for REGSJ mærkes blodprøverne som minimum med CPR-nummer.

Rekvisition:

Efter aftale med hæmatologisk afdeling nov. 2018 bestilles blodprøvetagning af KBA ved oprettelse af en Best/ord BCR-ABL1 KBA rekvisition i SP.

KBA sender blodprøven + KBA-PTB til patologiafsnit Næstved.

Patologirekvisitionen oprettes indtil videre manuelt i patologisystemet.

 

For rekvirenter udenfor REGSJ printes rekvisitionsseddel med tydelig angivelse af dato for prøvetagning og rekvirent, samt afkrydsning af hvilken analyse(r) der ønskes udført. Rekvisitionsseddel vedlægges prøven ved forsendelsen.

Link til rekvisition

Kliniske oplysninger:

For alle rekvirenter gælder, at rekvisitionen ved patientens første bestilling af BCR-ABL1 analysen tydelig markeres som diagnostisk.

Fremgangsmåde:

Ved første fremmøde køres multiplex PCR med kittet hemavision 9 22 og efterfølgende en gelelektroforese.

Den kvantitative bestemmelse af BCR-ABL1 udføres ved inhouse opsæt på ddPCR på Biorad udstyr.

Fiksering:

PAXgene® Blood RNA Tube indeholder reagens til stabilisering af intracellulært RNA umiddelbart efter opsamling.

Forsendelse:

Kuverten mærkes med analysenavn.

Blodprøverne opbevares og sendes ved stuetemperatur.

 

Blodprøverne skal være patologiafdelingen i hænde indenfor 72 timer. Derfor kan blodprøverne IKKE sendes dagen før 3 eller flere fri-/helligdage.

Fredage samt dage før helligdage skal prøven modtages senest kl. 12. 
   

Hvis prøven undtagelsesvis ikke kan nå frem til kl. 12 kontaktes patologiafdelingen afsnit Næstved på tlf. 56 51 42 23 for evt. aftale om modtagelse efter kl. 12.

Udføres af:

Patologiafdelingen, SUH, Afsnit Næstved, Ringstedgade 79A, 4700 Næstved, tlf. 56 51 42 23.


 
3) EGFR

 

Indikation

EGFR mutationsundersøgelse bruges til identifikation af patienter med fremskreden non-small cell lung cancer (NSCLC), hvis tumorer har mutationer i exon 18 ((G719X (G719A, G719C og G719S), deletioner og komplekse mutationer i exon 19, S768I og T790M samt insertioner i exon 20 og L858R og L861Q i exon 21 af EGFR-genet.

Dette har betydning for patientens behandling. For yderligere uddybning henvises til de kliniske retningslinjer.

Ved analyse vha. Qiagen GeneReader AIT tumorpanel analyseres følgende gener:

KIT, BRAF, ALK, RAF1, ERBB3, EGFR, PDGFRA, ERBB2, PIK3CA, NRAS, KRAS, ESR1

Alle patienter udredt via lungemedicinsk afdeling med pulmonale adenokarcinomer, der tænkes henvist til onkologisk behandling for dissimineret sygdom bør have udført testen.

Materiale

Materiale fra primær tumor er optimalt ellers senest tilkomne metastase. Der kan til EGFR mutationsanalysen anvendes formalinfikseret paraffinindstøbt materiale såvel som cytologisk materiale.

Rekvisition:

Denne analyse bestilles af patolog evt. i samarbejde med onkolog.

Kliniske oplysninger:

Ingen bemærkninger

Fremgangsmåde:

Analysen for EGFR-varianter kan udføres på to forskellige platforme.

- Cobas z480 analyzer (real-time PCR)

- Qiagen GeneReader AIT tumorpanel

 

For prøver, der er modtaget senest fredag kl. 12 på afsnit Næstved, kan der forventes et analyseresultat den efterfølgende fredag.

For prøver, der er modtaget senest tirsdag kl. 12 på afsnit Næstved, kan der forventes et analyseresultat den efterfølgende mandag.

Fiksering:

Formalinfikseret paraffinindstøbt vævsmateriale.

Udstrygninger tørfikseres ved luftørring.

Forsendelse:

Ikke relevant  

Udføres af:

Patologiafdelingen, SUH, Afsnit Næstved, Ringstedgade 79A, 4700 Næstved, tlf. 56 51 42 23.


 
4) HPV

 

Indikation

Patologiafdelingen udfører HPV DNA- og HPV RNA-test efter Sundhedsstyrelsens anbefalinger fra 2012 i forbindelse med screeningsprogrammet for livmoderhalskræft.

Se LMV: Cytologisk undersøgelse- Cervix. Patologi

Materiale

Smear fra cervix uteri, taget i BD SurePath™

Rekvisition:

HPV DNA- og HPV RNA-test udføres kun i forbindelse med screeningsprogrammet for livmoderhalskræft.

Kliniske oplysninger:

Prøvematerialet bør tages 10-14 dage efter 1. menstruationsdag.

Fremgangsmåde:

HPV DNA test analyseres vha. assay COBAS® 4800 HPV Test på COBAS® 4800 System.

HPV RNA test analyseres vha. Aptima® HPV assay og Aptima® HPV 16 18/45 genotype assay, på Panther® system fra Hologic® technology.

Fiksering:

BD SurePath™ indeholder ethanolbaseret væske inkl. formaldehyd, der fikserer cellerne.

Forsendelse:

Se LMV: Cytologisk undersøgelse- Cervix. Patologi

Udføres af:

Patologiafdelingen, SUH, Afsnit Næstved, Ringstedgade 79A, 4700 Næstved, tlf. 56 51 42 23.


 
5) KRAS/NRAS/BRAF

 

Indikation

KRAS/NRAS/BRAF mutationsundersøgelse er relevant for patienter med diagnosen colorektal cancer.

Mutationer i KRAS/NRAS/BRAF generne har betydning for patienternes respons på behandling med antistoffer rettet mod epidermal growth factor receptor (EGFR).

Påvisning af evt. mutationer beskrives i svaret.

Materiale

Formalinfikseret paraffinindstøbt vævsmateriale. Materialet kan være uegnet pga. lav kvalitet/kvantitet af det oprensede DNA.

Vævsmateriale, som er udstrøget på glas, kan også anvendes.

Der er høj grad af konkordans mellem KRAS mutationer i primær tumor og metastaser, og analysen kan således udføres på formalinfikseret og paraffinindstøbt væv fra enten primær tumor eller metastase.

Rekvisition:

Denne analyse bestilles af patolog evt. i samarbejde med onkolog.

Kliniske oplysninger:

Ingen bemærkninger

Fremgangsmåde:

Analysen for KRAS/NRAS/BRAF-mutationer kan udføres på tre forskellige platforme.

- BioRad ddPCR Multiplex Mutation Screening.

- Idylla på Biocartis (real-time PCR).

- Qiagen GeneReader AIT tumorpanel.

 

For prøver, der er modtaget senest fredag kl. 12 på afsnit Næstved, kan der forventes et analyseresultat den efterfølgende fredag.

For prøver, der er modtaget senest tirsdag kl. 12 på afsnit Næstved, kan der forventes et analyseresultat den efterfølgende mandag.

Fiksering:

Formalinfikseret paraffinindstøbt vævsmateriale.

Udstrygninger tørfikseres ved lufttørring.

Forsendelse:

Ikke relevant  

Udføres af:

Patologiafdelingen, SUH, Afsnit Næstved, Ringstedgade 79A, 4700 Næstved, tlf. 56 51 42 23.  


 
6) Kvantitativ BRAF

 

Indikation

BRAF mutationsundersøgelse er relevant ved diagnosticering af hårcelleleukæmi, samt måling af behandlingsrespons. Ved analysen måles mængden af muteret V600E BRAF.

Materiale

Følgende materiale kan anvendes:

- Formalinfikseret paraffinindstøbt vævsmateriale

- Afskrab fra MGG-farvet glas

- Blodprøve taget i EDTA-glas

- Knoglemarv

Materialet kan være uegnet pga. lav kvalitet/kvantitet af det oprensede DNA.

Blodprøve og knoglemarv foretrækkes.

Rekvisition:

Molekylærpatologiske analyser rekvireres oftest af patologiafdelingens læger. I særlige tilfælde fra udvalgte onkologer og hæmatologer efter aftale.

For rekvirenter udenfor REGSJ printes rekvisitionsseddel med tydelig angivelse af dato for prøvetagning og rekvirent. Rekvisitionsseddel vedlægges prøven ved forsendelsen.

Link til rekvisition

Kliniske oplysninger:

Diagnose: Hårcelleleukæmi. Ved første undersøgelse ønskes oplyst, om BRAF V600E tidligere er påvist.

Fremgangsmåde:

Analysen udføres ved ddPCR med primere fra Biorad.

 

Analysen udføres hver 14. dag.

Fiksering:

- Formalinfikseret paraffinindstøbt vævsmateriale.

- Udstrygning fikseres ved lufttørring.

- Blodprøve skal stabiliseres i EDTA

- Knoglemarv skal stabiliseres i heparin, EDTA eller citrat.

Forsendelse:

Ikke relevant

Udføres af:

Patologiafdelingen, SUH, Afsnit Næstved, Ringstedgade 79A, 4700 Næstved, tlf. 56 51 42 23.  


 
7) Malignt melanom

 

Indikation

BRAF multiplex er relevant hos patienter med malignt melanom. I multiplexanalysen undersøges for følgende mutationer V600E, V600K og V600R i BRAF-genet.

Materiale

Følgende materialer kan benyttes:

- Formalinfikseret paraffinindstøbt vævsmateriale

- Afskrab fra MGG-farvet glas

Materialet kan være uegnet pga. lav kvalitet/kvantitet af det oprensede DNA.

Rekvisition:

Molekylærpatologiske analyser rekvireres oftest af patologiafdelingens læger. I særlige tilfælde fra udvalgte onkologer og hæmatologer efter aftale.

Kliniske oplysninger:

Malignt melanom ønskes oplyst.

Fremgangsmåde:

Analysemetoder: BioRad BRAF V600 Screening kit.

 

Fredage samt dage før helligdage skal prøven modtages senest kl. 12.
Hvis prøven undtagelsesvis ikke kan nå frem til kl. 12 kontaktes patologiafdelingen afsnit Næstved på tlf. 56 51 42 23 for evt. aftale om modtagelse efter kl. 12.

Fiksering:

- Formalinfikseret paraffinindstøbt vævsmateriale.

- Udstrygninger tørfikseres ved lufttørring.

Forsendelse:

Ikke relevant

Udføres af:

Patologiafdelingen, SUH, Afsnit Næstved, Ringstedgade 79A, 4700 Næstved, tlf. 56 51 42 23.   


 
8) MLH1

  

Indikation

MLH1 promotor methyleringsanalyse er relevant ved mistanke om Lynch syndrom og arvelig colorektal cancer

Materiale

Formalinfikseret paraffinindstøbt vævsmateriale.

Materialet kan være uegnet pga. lav kvalitet/kvantitet af det oprensede DNA.

Rekvisition:

Molekylærpatologiske analyser rekvireres oftest af patologiafdelingens læger. I særlige tilfælde fra udvalgte onkologer og hæmatologer efter aftale.

Kliniske oplysninger:

Vævsmaterialet skal vise manglende immunhistokemisk farvning af MLH1 på tumorvæv.

Fremgangsmåde:

Analysen udføres på Sygehus Lillebælt, Vejle vha. qPCR

 

Analysen udføres ca. 1 gang om måneden, hvorfor lang svartid må påregnes.

Fiksering:

Formalinfikseret paraffinindstøbt vævsmateriale.

Forsendelse:

Ikke relevant

Udføres af:

Ikke relevant 


 
9) MYD88

 

Indikation

MYD88 mutationsundersøgelse er relevant for patienter med mistanke om Waldenströms makroglobulinæmi, lymfoplasmacytisk lymfom og diffus stor B-celle lymfom.
Det indsendte vævsmateriale analyseres for MYD88-mutationen p.Leu265Pro, samt ved fund af mutationen procentdelen af muterede alleler.

Materiale

Følgende materialer kan benyttes:

- Formalinfikseret paraffinindstøbt vævsmateriale

- Afskrab fra MGG-farvet glas

Materialet kan være uegnet pga. lav kvalitet/kvantitet af det oprensede DNA.

Tumorprocenten i det udvalgte område skal være minimum 0,1 %

Rekvisition:

Molekylærpatologiske analyser rekvireres oftest af patologiafdelingens læger. I særlige tilfælde fra udvalgte onkologer og hæmatologer efter aftale.

For rekvirenter udenfor REGH printes rekvisitionsseddel med tydelig angivelse af dato for prøvetagning og rekvirent. Rekvisitionsseddel vedlægges prøven ved forsendelsen.

Link til rekvisition

Kliniske oplysninger:

Ingen relevante.

Fremgangsmåde:

Analysen udføres ved ddPCR med primere fra Biorad.

 

Analysen udføres hver 14. dag i lige uger.

Fiksering:

-Formalinfikseret paraffinindstøbt vævsmateriale.

-Udstrygning fikseres ved lufttørring

Forsendelse:

Ikke relevant  

Udføres af:

Patologiafdelingen, SUH, Afsnit Næstved, Ringstedgade 79A, 4700 Næstved, tlf. 56 51 42 23.  


 
10) Prosigna PAM50

 

Indikation

Prosigna® PAM50 er en prognostisk gensignaturanalyse for brystkræft. Analysen måler genekspressionsprofilen vha. RNA oprenset fra formalinfikseret paraffinindstøbt brystkræftvæv. Genekspressionen vægtes sammen med kliniske variable for at generere en subtype (luminal A, luminal B, HER2-beriget eller basal-lignende) vha. FFPE-brystkræftvæv.

Prosigna® PAM50 Prognostisk gensignaturanalyse anvendes hos brystkræftpatienter i henhold til nationale retningslinjer (www.dbcg.dk).

Materiale

Formalinfikseret paraffinindstøbt vævsmateriale fra brysttumorvæv.

 

Materialet kan være uegnet pga. lav kvalitet/kvantitet af det oprensede RNA.

Rekvisition:

Molekylærpatologiske analyser rekvireres af patologiafdelingens læger evt. i samarbejde med onkologer.
 

For rekvirenter udenfor REGSJ printes rekvisitionsseddel med tydelig angivelse af dato for prøvetagning og rekvirent. Rekvisitionsseddel vedlægges prøven ved forsendelse.

Link til rekvisition

Kliniske oplysninger:

Følgende krav skal være opfyldt for at analysen kan udføres :

- Postklimakteriel

- Lymfenodestatus skal oplyses.

- Hormonreceptor-positiv tumor (ER)

- HER2-status normal

Fremgangsmåde:

Prosigna analysen udføres på NanoString nCounter® Dx-analysesystem.

Fiksering:

Formalinfikseret paraffinindstøbt vævsmateriale.

Forsendelse:

Kuverten mærkes med analysenavn.

Prøven opbevares og sendes ved stuetemperatur.

Tidsfrister: Der tilstræbes en svartid, der ikke overstiger 5 hverdage efter modtagelsen af materialet.

Udføres af:

Patologiafdelingen, SUH, Afsnit Næstved, Ringstedgade 79A, 4700 Næstved, tlf. 56 51 42 23.  


 
22.03.2019